那十名锦衣卫早见他们的师傅被砍倒，心知不妙，便想逃跑，却被随孙承宗而来的十五名侍卫围在林子里全歼灭了。
天启五年（1625年，天命十年）十月，明熹宗听从魏忠贤建议，派高第以兵部尚书，佩尚方宝剑，经略辽东，进驻山海关。
他一到任上，就藉口柳河兵败为理由，撤掉山海关总兵马世龙的职，让他立即从锦州回到关内去，等候朝廷问罪。接着，高第准备将山海关外的驻兵全部撤进关内，完全採取不谋进取，只图守关的消极防御的策略。
由于高第畏敌如虎的政策，激起袁崇焕等将领的竭力反对。可是，高第凭藉着皇上赐给的尚方宝剑，又有魏忠贤及其死党们的暗中支持，把将领们的建议置于脑后，固执己见，坚持把关外的驻军撤回来。
高第不战而退的策略，闹得军心不稳，民怨沸腾，难民塞于路，哭声震于野，并且丢弃米栗十余万石，造成军无战心，士气低落。
袁崇焕简直气炸了肺，自己辛辛苦苦修筑的宁远城，如此坚固的一座前沿堡垒，却要拱手送给敌人，哪有这样的道理？
对孙承宗的罢职，袁崇焕已早有察觉，颇为难过。
袁崇焕的性格刚直，胆略过人，从来不服邪的，对高第的专横跋扈甚为不满，特别是动辙以尚方宝剑论处，更为反感。袁崇焕对撤军之事置之不理，高第也是不答应，执意要他撤军，见袁崇焕拒不撤兵，又知道皇帝垂信于他，就不再坚持要袁崇焕从宁、前撤军了。
但是，高第仍然用心险恶，他把宁远、前屯以外的其他各城堡全都撤防，使宁远城变成一座孤城！高第的用心之险恶，目的之卑鄙，手段之恶劣，都是前所未有过的。
后金汗王努尔哈赤，在占领广宁之后的四年之间，虽然派兵两次打锦州，一次打松山，均遭败绩而归，以后便不敢再兴兵南犯了。
善于闻风而动的努尔哈赤，曾经乘着熊廷弼下台之机，派兵夺占辽渖；这次又得到孙承宗被罢职还乡，高第撤军关内、宁远城孤守的消息，决定派兵攻打宁远城，向袁崇焕报那两次兵败之仇。
经过充分酝酿、准备，后金国于天启六年（1626年，天命十一年）正月十四日，也就是努尔哈赤去广宁一带打围之后的第四天，便迫不急待地从渖阳出发，亲自统帅大军十三万，号称二十万人马，向明朝发动新的、大规模地进攻。
十六日，后金兵马到达东昌堡，十七日渡过辽河，没有受到任何阻挡。
为了显示八旗兵马的雄威，努尔哈赤于旷野布兵，南到大海，北越广宁大道，漫山遍野，浩浩荡荡，看不到首尾，只见剑戟如林，刀枪的寒光刺人眼目，令人望之胆寒。
大军抵达西平堡时，前哨军卒捉住几名明军的探马，经过审问，得知除宁远城以外的城堡，均无大部队防守，只有屯卫守员一千人，大凌河城守兵五百人，锦州守兵三千人。
后金兵马一到，右屯卫守城参将周守廉、锦州游击肖盛、中军张贤、都司昌忠、松山参将太辅、中军毛风义，以及大小凌河、杏山、塔山等各处军民，按照袁崇焕的布置，实行坚壁清野，焚烧房屋，运走所有的谷物粮食，毫无反抗，纷纷逃走，故意显示出畏敌如虎的逃跑姿态。
于是，努尔哈赤十几万兵马如入无人之境，毫无阻挡地开进不设防的右屯、锦州、松山、杏山、塔山、大小凌河各城。
当后金的兵马从渖阳一出发时，袁崇焕的探马便来向他报告了。
他与总兵满桂等商议后，对守城作了严密部署：他先喊来参将姚抚民、胡一宁、金冠、还有游击季善、张国青等，给他们交待了任务。
尽管宁远城兵将不足三万人，袁崇焕却临战不惊，指挥若定，团结守城将领，迎战后金兵马。
首先，袁崇焕将兵力集中于宁远城内，撤中左所、右屯等处的兵力，连同从西洋购来的大炮，全部入城，精心布置于城头。
为了吸取已往教训，袁崇焕命令同知陈维模负责稽查城内奸细，及时肃清后金的间谍人员在城内活动，发现一个消灭一个，绝不手软。
袁崇焕准备长期守城，命令通判金启宗专门负责供应守军将士的饮食。对将领也作了分工，袁崇焕派总兵满桂守城东，副将左辅守城西，参将祖大寿守城南，副总兵朱梅守城北；而袁崇焕自己则总督全局，负责全城守御。
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努尔哈赤私秘生活全记录--第十一章(8)
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从这一天开始，袁崇焕不再下城，就在城上与守城将士一起吃住，在他的鼓舞下，全城军民立即行动起来，身强力壮的登城防守；不能打仗的，参加后勤巡守巷口，提防奸细。
为向皇上表示决心，袁崇焕在写给天启帝的卷表中，表达了他和宁远城军民的战斗意志，誓死捍卫大明江山社稷，狠狠打击兴兵来犯的后金兵马！
努尔哈赤本是一个深谋远虑之人，许多事情都是未雨绸缪，事前早做好准备了。在向宁远出兵之前，他曾单独找李永芳、李小芳父子二人，布置往宁远城派遣谍报人员的事情。
二人肩负着后金汗王努尔哈赤的使命，怀里揣着马如龙的书信，进了宁远城。当时，虽说后金没有出兵，宁远城里已显示出紧张的备战气氛。城上守军各就各位，严阵已待。站岗的、游动的，还有一队队巡逻士卒穿街过巷，盘查可疑行人，既紧张，又有秩序。